eclipseは間違いなく最強のJava開発ツールです。
私の周りでは、少し前までは、emacs + javac + jdb という玄人っぽい開発者も見かけましたが、
現在SOBA Project, Inc.ではほとんど全員がeclipseを使っています。
SOBAはほとんどのコードはJavaで書かれているので、eclipseの恩恵は計り知れません。
私は、ブレークポントを設定しておいて、一行おきにデバッグするノーマルなデバッグが好きですね。
これで、開発初期のほとんどの不具合は回避できます。
もう少し複雑な不具合の場合、JProfilerなどのプロファイラーを使用します。
Javaで参照が残ったままだと、メモリリークする可能性がありますが、JProfilerを使用すると簡単に見つけられます。
この主のツールは英語版のみでほとんどOKです。
日本語訳をたまに見ますが、よく訳を間違えていますね。