私は最近、PCを再構築していてWindows 2000（なつかしい）をPCにインストールしなおしたら、なんとWindows XPが起動しなくなってしまいました。
ただ、この現象よくあるようです。
原因は、古いOSであるWindows 2000がWindows XPのNTLDRとNTDETECT.COMを上書きしてしまうためのようです。Windows 2000でブートしておいて、Windows XPのファイルシステムにアクセスしてNTLDRとNTDETECT.COMを戻してあげたら、ちゃんと動作しました。
OSを入れるなら、やはり、古いものからですね。